Dr. Daniel Almonacid

Dr. Daniel Almonacid

Profesor Asistente

Bioquímico, Universidad de Concepción, 2004

Doctor en Informática Molecular, University of Cambridge, 2008

Postdoctorado en Bioingeniería, University of California San Francisco, 2012

Área de especialización: Evolución funcional de proteínas, mutaciones en cáncer, reingeniería de proteínas, bioinformática de enzimas.

Ubicación y Fono: Centro de Bioinformática y Biología Integrativa, Facultad de Ciencias Biológicas, República 239, piso 3, Santiago; Fono: 56-2-27703628

Correo electrónico: daniel.almonacid@unab.cl

 

Área de investigación:

Mi grupo de investigación usa química y biología computacional, así como bio- y chemo-informática para resolver importantes preguntas en cuatro áreas: 1) Mutaciones en cáncer descubiertas a partir de secuenciación de exomas tumorales; 2) Re-ingeniería de enzimas para aplicaciones biotecnológicas; 3) Evolución funcional en superfamilias de proteínas; 4) Anotación funcional de genomas y metagenomas.

Publicaciones:

Akiva E, Brown S, Almonacid DE, Barber AE, Custer AF, Hicks MA, Huang CC, Lauck F, Mashiyama ST, Meng EC, Mischel D, Morris JH, Ojha S, Schnoes AM, Stryke D, Yunes JM, Ferrin TE, Holliday GL, Babbitt PC: The Structure-Function Linkage Database. Nucleic Acids Res 2014, 42:In Press.

Wallrapp FH, Pan J-J, Ramamoorthy G, Almonacid DE, Hillerich BS, Seidel R, Patskovsky Y, Babbitt PC, Almo SC, Jacobson MP, Poulter CD: Prediction of Function for the Polyprenyl Transferase Subgroup in the Isoprenoid Synthase Superfamily. Proc Natl Acad Sci U S A 2013, 110:E1196-E1202.

Holliday GL, Andreini C, Fischer JD, Rahman SA, Almonacid DE, Williams ST, Pearson WR: MACiE: exploring the diversity of biochemical reactions. Nucleic Acids Res 2012, 40:D783-D789.

Almonacid DE, Babbitt PC: Toward Mechanistic Classification of Enzyme Functions. Curr Opin Chem Biol 2011, 15:435-442.

Almonacid DE, Yera ER, Mitchell JBO, Babbitt PC: Quantitative Comparison of Catalytic Mechanisms and Overall Reactions in Convergently Evolved Enzymes: Implications for Classification of Enzyme Function. PLoS Comput Biol 2010, 6:e1000700.

Holliday GL, Almonacid DE, Mitchell JBO, Thornton JM: The Chemistry of Protein Catalysis. J Mol Biol 2007, 372:1261-1277.

O’Boyle NM, Holliday GL, Almonacid DE, Mitchell JBO: Using Reaction Mechanism to Measure Enzyme Similarity. J Mol Biol 2007, 368:1484-1499.

Matamala AR, Almonacid DE, Figueroa MF, Martinez-Oyanedel J, Bunster MC: A Semiempirical Approach to the Intra-Phycocyanin and Inter-Phycocyanin Fluorescence Resonance Energy-Transfer Pathways in Phycobilisomes. J Comput Chem 2007, 28:1200-1207.

Contreras-Martel C, Matamala A, Bruna C, Poo-Caamaño G, Almonacid D, Figueroa M, Martinez-Oyanedel J, Bunster MC: The Structure at 2Å Resolution of Phycocyanin from Gracilaria chilensis and the Energy Transfer Network in a PC-PC Complex. Biophys Chem 2007, 125:388-396.

Holliday GL, Almonacid DE, Bartlett GJ, O’Boyle NM, Torrance JW, Murray-Rust P, Mitchell JBO, Thornton JM: MACiE (Mechanism, Annotation and Classification in Enzymes): Novel Tools for Searching Catalytic Mechanisms. Nucleic Acids Res 2007, 35:D515-D520.

Holliday GL, Bartlett GJ, Almonacid DE, O’Boyle NM, Murray-Rust P, Thornton JM, Mitchell JBO: MACiE: A Database of Enzyme Reaction Mechanisms. Bioinformatics 2005, 21:4315-4316.